Родился в селе Дерюгино Дмитриевского уезда Курской губернии в семье крепостного фельдшера родился Петр Андреевич Минаков.
После окончания в 1886 году Курской гимназии поступил на медицинский факультет Московского университета. Закончив его с отличием в 1891 году, был оставлен при кафедре судебной медицины в должности сверхштатного лаборанта Института судебной медицины. Первый научный успех пришел к П. А. Минакову еще в студенческие годы, когда он подготовил две работы. Первая – «К вопросу о патологоанатомических изменениях при отравлении йодоформом» вышла в «Медицинском обозрении» в 1892 году. Следующая, «Elephantiasis» (1893), представляла собой обширное эпидемиологическое исследование распространенности слоновой болезни. Эта работа, заслуженно удостоенная золотой медали, впоследствии переиздавалась как монография. В 1895 году П. А. Минаков был командирован за границу. В рамках научно-практической стажировки в Вене, Париже, Берлине он собрал уникальный материал для научных исследований. Уже в 1896 году вышла новая работа о волосах П.А. Минакова «Об изменении волос под действием высокой температуры». В ней детально описаны макро- и микроскопические изменения в волосах при выстрелах с различных дистанций. Вернувшись в Россию в 1896 году П. А. Минаков занял должность прозектора кафедры судебной медицины, став ближайшим помощником проф. И.И. Нейдинга. В 1900 году П. А. Минаков сменил ушедшего в отставку профессора И. И. Нейдинга и принял руководство кафедрой судебной медицины Московского университета. Профессор П. А. Минаков начал активную преподавательскую деятельность. К 1914 году стараниями П.А. Минакова начал работу Институт судебной медицины при Московских высших женских курсах (впоследствии 2-й Московский медицинский институт). Там же П. А. Минаков читал лекции для юристов, а в Народном университете им. Шанявского преподавал курс «судебной медицины в связи с антропологией». После Октябрьской революции П. А. Минаков руководил организованной им кафедрой судебной медицины медицинского факультета на Московских высших женских курсах. С 1917 по 1931 годпрофессор, заведующий кафедрой МГУ. Возглавлял Антропологическое общество, Московское общество судебных медиков.
В 1924 году предложил способ бальзамировании тела В. И. Ленина.
Труды
- О волосах в судебно-медицинском отношении. – Диссертация на степень доктора медицины. Доступ https://rusneb.ru/catalog/000199_000009_003668152/